Gunter Waldek wurde 1953 in Linz geboren. Nach umfassenden Studien in Salzburg (Musikpädagogik, Musikwissenschaften, Romanistik, Dirigieren, Chorleitung und Komposition) unterrichtete er zunächst an verschiedenen Gymnasien, bevor er 1982 als Kompositionslehrer an das Linzer Bruckner-Konservatorium berufen wurde.
Dort war er mitverantwortlich für das Ausbildungsprofil, das 2004 zur Akkreditierung als Anton Bruckner Privatuniversität führte. An der neuen Universität habilitierte er zum Univ. Prof. für Komposition und übernahm das Amt des Vizerektors, gab jedoch mit Beginn 2008 die meisten seiner administrativen Funktionen ab, um sich verstärkt künstlerischen Aufgabenstellungen widmen zu können. Im März 2014 beendete Gunter Waldek seine Unterrichtstätigkeit.
Neben der Professur und seiner intensiven kompositorischen Arbeit betreut er als Dirigent regelmäßig Orchester- und Chorprojekte und ist als Juror in verschiedenen Wettbewerben tätig.
Seit vielen Jahren lebt Gunter Waldek mit seiner Frau Elfi in Andorf im oberösterreichischen Innviertel und in Anduins (Friaul) und engagiert sich auch in der regionalen Kulturszene.