Ausgehend von der Arbeit mit Chören wandte sich Gunter Waldek zunehmend auch der Orchesterliteratur zu. Als Dirigent des Welser und des Grieskirchner Kammerorchesters galt sein Interesse eher der Streichorchesterliteratur aus Barock und Klassik; dabei entstand auch das Musiktheaterprojekt “Oper auf Rädern”. Im Jänner 2002 übernahm Gunter Waldek die künstlerische Leitung des Brucknerbundorchesters Ried, mit dem er regelmäßig Konzerte mit symphonischer und Chor-Orchesterliteratur veranstaltet.
Als Gastdirigent leitete er verschiedene Orchester und arbeitete mit renommierten Solisten zusammen, u.a. Hubert Kroisamer, Matthias Schorn, Robert Bauerstatter und Manuel Huber (Wiener Philharmoniker), Johannes Meissl und Othmar Müller (Artis-Quartett), Reinhard Mayr (Opernhaus Zürich), Klaus Kuttler (Deutsche Oper Berlin u.a.), Gotho Griesmeier und Christa Ratzenböck (Landestheater Linz), Franz Scherzer und Sabine Luger (Bruckner-Orchester Linz), Ferdinand Steiner (Mozarteum-Orchester Salzburg). Im Rahmen von Spezialprojekten trat Waldek auch mit internationalen Ensembles auf (z.B. Ensemble “Daedalus” beim Festival Antwerpen 1993). Ein weiterer Schwerpunkt liegt im Bereich der Chor- und Ensemblebetreuung: auf zahlreichen Singwochen und Chorseminaren wurde er als Referent und Chorleiter eingeladen, im Rahmen der Choroffensive der oö. Landesmusikdirektion arbeitete er an führender Stelle mit. Waldeks Repertoire als Dirigent umfasst barocke Werke ebenso wie große romantische Solokonzerte, Symphonien und Opern sowie zeitgenössische Musik.